На днешния ден през 1888 година се създава Софийският университет. Първоначално се основава Висш педагогически курс с 43 курсисти към Първа Софийска мъжка гимназия начело с Александър Теодоров-Балан. Според закона от 18 декември същата година той се нарича Висше училище с единствено Историко-филологическо отделение. На 1 октомври 1889 г. се открива Физико-математически отдел, а на 1 октомври 1892 г. – Юридически отдел. От 1901 г. Висшето училище започва да приема за студенти и девойки.
На 29 януари 1889 г. в присъствието на Иван Шишманов, представител на Министерство на народното просвещение, е избран първият ректор на висшето училище – Александър Теодоров-Балан – измежду първите му седем преподаватели – т. нар. „нови седмочисленици“, сред които титаните Любомир Милетич, Иван Георгов и Никола Михайловски. Първият ректор Балан е бесарабски българин, брат на генерал Георги Тодоров и на софийския кмет Мартин Тодоров. През 1904 година Висшето училище придобива университетски статут.
На 3 януари 1907 г. група студенти организира демонстрация срещу княз Фердинанд пред Народния театър. На следващия ден – 4 януари – Министерският съвет постановява указ, който нарежда закриването на университета за срок от 6 месеца и уволняването на всички професори, доценти и лектори. Проф. Иван Шишманов, който е един от законотворците на кодекса за автономия на университета, подава оставка като министър на просветата. На негово място идва Никола Апостолов, който постановява откриването на университета със „съвършено нови преподаватели“. Академичната 1907/1908 г. започва с преподаватели чужденци и довчерашни гимназиални учители. Събитията имат своя отзвук в обществото и последвалата реакция е много показателна. По думите на доц. Тодор Попнеделев, зам.-декан на историческия факултет, при 70 души преподаватели се записват 7 студенти. Университетът отново отваря врати едва в края на януари през следващата 1908 година, само няколко седмици след сформирането на ново правителство на Демократическата партия ръководено от Александър Малинов, което възстановява старите преподаватели.
След държавния преврат на 19 май 1934 г. се ограничава силно университетската автономия, закрити са и са слети редица катедри. Нови промени в статута, организацията на обучението и т. н. в университета настъпват в края на 40-те и началото на 50-те години на ХХ в.
